Her cerrahi müdahalede olduğu gibi çene ameliyatının da bazı riskleri vardır. Bunlar arasında enfeksiyon, kanama, sinir hasarı (örneğin dudaklarda veya çenede hissizlik), çene ekleminde ağrı veya hareket kısıtlılığı sayılabilir. Ancak bu komplikasyonlar nadirdir ve deneyimli cerrahlar tarafından yapılan işlemlerde riskler minimize edilir.