Wie jeder chirurgische Eingriff birgt auch die Kieferchirurgie einige Risiken. Dazu gehören Infektionen, Blutungen, Nervenschäden (z. B. Taubheitsgefühl der Lippen oder des Kiefers), Schmerzen oder Bewegungseinschränkungen im Kiefergelenk. Diese Komplikationen sind jedoch selten, und bei Eingriffen, die von erfahrenen Chirurgen durchgeführt werden, werden die Risiken minimiert.